Rのインストールとそのパッケージインストール，そして，Grassとの連動

Rのインストールとそのパッケージインストール，そして，Grassとの連携

Aug. 10, 2012 作成開始　 Jul. 28, 2017追加修正　

長く，　このページ放置していた。2017年秋から情報演習室がハード丸ごと更新されるので，久しぶりに更新する。以前に比べると，よりパッケージ化が進んで簡便になった。

1. R for Mac OSX と関連ソフトのインストール

1.1　R 3.4.1 "Single Candle" released on 2017/06/07
https://cran.r-project.org/bin/macosx/

Xquatzは，Rのインストール前に用意しておくこと。ぼくの既存のものは2.7.11で，開くと，bash-3.2。
用意されていた次のリンクも同じヴァージョンだったので更新不要ではあった。https://www.xquartz.org/index.html

R 3.4.1
Version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"　for Mac OS X 10.11 (El Capitan) and higher

This multi-package contains following main components:
- R Framework 3.4.1 - R.app GUI 1.70
- Tcl/Tk 8.6.6 for X11 (optional, needed for the tcltk R package)
- Texinfo 5.2 (optional, needed to build documentation in R packages from sources)

Requirements:
- Mac OS X 10.11 (El Capitan) or higher

Note: By default the installer upgrades previous El Capitan build of R if present. If you want to keep the previous version, use
pkgutil --forget org.r-project.R.el-capitan.fw.pkg

The Cocoa GUI called R.app will be installed by default in your Applications folder, R framework will be installed in /Library/Frameworks, Tcl/Tk and Texinfo will be installed in /usr/local.

Important: since R 3.4.0 release we are now providing binaries for OS X 10.11 (El Capitan) and higher using non-Apple toolkit to provide support for OpenMP and C++17 standard features. Please read the corresponding note below. Please check the MD5 checksum of the downloaded image to ensure that it has not been tampered with or corrupted during the mirroring process. For example type md5 R-3.4.1.pkg in the Terminal application to print the MD5 checksum for the R-3.4.1.pkg image. On Mac OS X 10.7 and later you can also validate the signature using pkgutil --check-signature R-3.4.1.pkg R 3.4.1 binary for OS X 10.11 (El Capitan) and higher, signed package. Contains R 3.4.1 framework, R.app GUI 1.70 in 64-bit for Intel Macs, Tcl/Tk 8.6.6 X11 libraries and Texinfo 5.2. The latter two components are optional and can be ommitted when choosing "custom install", they are only needed if you want to use the tcltk R package or build package documentation from sources. Note: the use of X11 (including tcltk) requires XQuartz to be installed since it is no longer part of OS X. Always re-install XQuartz when upgrading your OS X to a new major version. Important: this release uses Clang 4.0.0 and GNU Fortran 6.1, neither of which is supplied by Apple. If you wish to compile R packages from sources, you will need to download and install those tools - see the tools directory.

2. Rのパッケージのインストール

　　Rにsourceから各種パッケージを組み込むのは難しいが，インターネットに繋がった状態でRからダウンロードして簡単に組み込むことができる。

2.1 Rのパッケージのインストール法の概略

http://cran.R-project.org/bin/macosx/RMacOSX-FAQ.html　

2.2 R内でのrgrass7のインストール

rgrass7: Interface Between GRASS 7 Geographical Information System and R
https://cran.r-project.org/web/packages/rgrass7/index.html
からダウンロードできるがインストーラは用意されていないので，R内でrgrassパッケージをインストールするのがいい。
　　一般に，　パッケージを見ると，　他のパッケージとの関係について， Depends/Recommends/Suggests/Conflicts/Replaces/Providesなどとあるが，この意味は次のdebianのサイトに記されている。http://www.debian.or.jp/community/devel/debian-policy-ja/policy.ja.html/ch-relationships.html

1. Applicationsフォルダ内のRを立ち上げる。
2.　メーンメニューのパッケージデータ/Rパッケージインストーラ/で，　
　　他のリポジトリを，http://R.researchi.att.com/　,　　バイナリ形式パッケージにチェックをいれて，
検索窓に，rgrass7を入力のうえ，一覧を取得ボタンをクリック。rgrass7　0.1-9がヒット。
　　依存パッケージも含める，にチェック。デフォルトのシステム（Rフレームワーク内）のままにして，
選択をインストール。

　　Consoleには，次のようなメッセージが現れる。冗長だけど列記する。
依存対象 (dependency) ‘rlang’, ‘bit’, ‘tibble’, ‘digest’, ‘bit64’, ‘blob’, ‘DBI’, ‘memoise’, ‘pkgconfig’, ‘Rcpp’, ‘sp’, ‘XML’, ‘rgdal’, ‘RSQLite’ もインストールします

URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rlang_0.1.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 461247 bytes (450 KB)
==================================================
downloaded 450 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/bit_1.1-12.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 240695 bytes (235 KB)
==================================================
downloaded 235 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/tibble_1.3.3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 364527 bytes (355 KB)
==================================================
downloaded 355 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/digest_0.6.12.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 159810 bytes (156 KB)
==================================================
downloaded 156 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/bit64_0.9-7.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 534016 bytes (521 KB)
==================================================
downloaded 521 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/blob_1.1.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 12359 bytes (12 KB)
==================================================
downloaded 12 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/DBI_0.7.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 744832 bytes (727 KB)
==================================================
downloaded 727 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/memoise_1.1.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 27154 bytes (26 KB)
==================================================
downloaded 26 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/pkgconfig_2.0.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 15810 bytes (15 KB)
==================================================
downloaded 15 KB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/Rcpp_0.12.12.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 3313903 bytes (3.2 MB)
==================================================
downloaded 3.2 MB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/sp_1.2-5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1545668 bytes (1.5 MB)
==================================================
downloaded 1.5 MB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/XML_3.98-1.9.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1923850 bytes (1.8 MB)
==================================================
downloaded 1.8 MB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rgdal_1.2-8.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 28133881 bytes (26.8 MB)
==================================================
downloaded 26.8 MB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/RSQLite_2.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 3241881 bytes (3.1 MB)
==================================================
downloaded 3.1 MB
URL 'http://R.research.att.com/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rgrass7_0.1-9.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 81572 bytes (79 KB)
==================================================
downloaded 79 KB
　　　　ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/p7/8mjn_qxd0m181_4p375kgwcc0000gn/T//RtmppmawPy/downloaded_packages
X windowsで， cd /, ls, とすれば，/var，が表示される。Finder上の検索では表示されない。

Rパッケージマネージャ，を開くと，確かにリストに上がっている。これらをロード済みにしないと行けない。チェックを入れるごとに，実行される。この経過もコンソールに記録される。

　　なお，すでに，mac上には，Rに続いて，　改めて（macでGrassを使うのを諦めていたがRとの連動のために気を取り直して）Grass7.0.5をインストールしている。Grassを立ち上げて，　X windowsで，R，と入力した。問題無く，立ち上がった。助かった。環境変数などの設定を強いられると暗雲立ちこめていたので。

————————————————　Rがたちあがったよー
GRASS 7.0.5 (Plane6_JGD2000):~ > r
R version 3.4.1 (2017-06-30) -- "Single Candle"
Copyright (C) 2017 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)

R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。
云々。
'q()' と入力すれば R を終了します。
[以前にセーブされたワークスペースを復帰します]
>
>
> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
GRASS 7.0.5 (Plane6_JGD2000):~ >
————————————————　と，Grassにもどれる。

3. 組み込まれていないパッケージを自分のRに組み込む特に一般的な方法
　　　　メーンメニューの，パッケージとデータ/パッケージインストーラ，を開く。一覧を取得，のボタンの上の選択ボタンからCRAN（バイナリ）を選ぶ。CRANが用意してくれているもので，ソースよりも優れて信頼でき簡便にインストールすることができる。一覧を取得，のボタンをクリックしてネット上のパッケージを確認する。
　　　　なお，　http://www.okadajp.org/RWiki/?CRAN国内ミラーの使い方　に日本のミラーサイトが示されているが，全部だめ。速度の点でもアクセスの点でも，　https://cran.uni-muenster.de　などを勧める。　Rのメーンメニューの，R/環境設定/起動/デフォルトのCRANミラー，で，直接，例えばミュンヘン大学のurlを入力する。日本は全くだめ。

　　　　私は，ｒgrass７，Spatial，raster, SpatStat, Gstat, Rcmdr　（RODBCも必要だが依存ファイルとしてインストールされる，rmapもインストールしたかったがこれはCRANから外されている）をインストールした。次のリストは，R commanderのものである。GUIではインストールできなかった。Console上で，　install.packages("Rcmdr")　を実行した。

> install.packages("Rcmdr")
依存対象 (dependency) ‘mime’, ‘dichromat’, ‘munsell’, ‘labeling’, ‘stringi’, ‘evaluate’, ‘highr’, ‘markdown’, ‘yaml’, ‘backports’, ‘jsonlite’, ‘plyr’, ‘reshape2’, ‘scales’, ‘lazyeval’, ‘RColorBrewer’, ‘stringr’, ‘knitr’, ‘magrittr’, ‘checkmate’, ‘htmlwidgets’, ‘viridisLite’, ‘rematch’, ‘minqa’, ‘nloptr’, ‘RcppEigen’, ‘zoo’, ‘Formula’, ‘ggplot2’, ‘latticeExtra’, ‘acepack’, ‘gtable’, ‘gridExtra’, ‘data.table’, ‘htmlTable’, ‘viridis’, ‘htmltools’, ‘base64enc’, ‘cellranger’, ‘lme4’, ‘SparseM’, ‘MatrixModels’, ‘sandwich’, ‘colorspace’, ‘Hmisc’, ‘e1071’, ‘readxl’, ‘pbkrtest’, ‘quantreg’, ‘RcmdrMisc’, ‘car’, ‘tcltk2’, ‘abind’, ‘relimp’ もインストールします

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/mime_0.5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 25387 bytes (24 KB)
==================================================
downloaded 24 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/dichromat_2.0-0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 145514 bytes (142 KB)
==================================================
downloaded 142 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/munsell_0.4.3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 134805 bytes (131 KB)
==================================================
downloaded 131 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/labeling_0.3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 39467 bytes (38 KB)
==================================================
downloaded 38 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/stringi_1.1.5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 12699447 bytes (12.1 MB)
==================================================
downloaded 12.1 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/evaluate_0.10.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 47130 bytes (46 KB)
==================================================
downloaded 46 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/highr_0.6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 28809 bytes (28 KB)
==================================================
downloaded 28 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/markdown_0.8.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 175911 bytes (171 KB)
==================================================
downloaded 171 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/yaml_2.1.14.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 172204 bytes (168 KB)
==================================================
downloaded 168 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/backports_1.1.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 30321 bytes (29 KB)
==================================================
downloaded 29 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/jsonlite_1.5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1114207 bytes (1.1 MB)
==================================================
downloaded 1.1 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/plyr_1.8.4.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 818975 bytes (799 KB)
==================================================
downloaded 799 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/reshape2_1.4.2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 212711 bytes (207 KB)
==================================================
downloaded 207 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/scales_0.4.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 329545 bytes (321 KB)
==================================================
downloaded 321 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/lazyeval_0.2.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 123736 bytes (120 KB)
==================================================
downloaded 120 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/RColorBrewer_1.1-2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 24322 bytes (23 KB)
==================================================
downloaded 23 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/stringr_1.2.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 143800 bytes (140 KB)
==================================================
downloaded 140 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/knitr_1.16.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 975065 bytes (952 KB)
==================================================
downloaded 952 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/magrittr_1.5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 152460 bytes (148 KB)
==================================================
downloaded 148 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/checkmate_1.8.3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 557948 bytes (544 KB)
==================================================
downloaded 544 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/htmlwidgets_0.9.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 841865 bytes (822 KB)
==================================================
downloaded 822 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/viridisLite_0.2.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 54331 bytes (53 KB)
==================================================
downloaded 53 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rematch_1.0.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 10990 bytes (10 KB)
==================================================
downloaded 10 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/minqa_1.2.4.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 260826 bytes (254 KB)
==================================================
downloaded 254 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/nloptr_1.0.4.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 991829 bytes (968 KB)
==================================================
downloaded 968 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/RcppEigen_0.3.3.3.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 4554573 bytes (4.3 MB)
==================================================
downloaded 4.3 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/zoo_1.8-0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 890861 bytes (869 KB)
==================================================
downloaded 869 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/Formula_1.2-2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 160865 bytes (157 KB)
==================================================
downloaded 157 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/ggplot2_2.2.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 2792414 bytes (2.7 MB)
==================================================
downloaded 2.7 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/latticeExtra_0.6-28.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 2072202 bytes (2.0 MB)
==================================================
downloaded 2.0 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/acepack_1.4.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 74840 bytes (73 KB)
==================================================
downloaded 73 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/gtable_0.2.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 57162 bytes (55 KB)
==================================================
downloaded 55 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/gridExtra_2.2.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 477321 bytes (466 KB)
==================================================
downloaded 466 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/data.table_1.10.4.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1436950 bytes (1.4 MB)
==================================================
downloaded 1.4 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/htmlTable_1.9.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 218966 bytes (213 KB)
==================================================
downloaded 213 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/viridis_0.4.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1741174 bytes (1.7 MB)
==================================================
downloaded 1.7 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/htmltools_0.3.6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 205363 bytes (200 KB)
==================================================
downloaded 200 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/base64enc_0.1-3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 27274 bytes (26 KB)
==================================================
downloaded 26 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/cellranger_1.1.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 72965 bytes (71 KB)
==================================================
downloaded 71 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/lme4_1.1-13.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 6379022 bytes (6.1 MB)
==================================================
downloaded 6.1 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/SparseM_1.77.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 998672 bytes (975 KB)
==================================================
downloaded 975 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/MatrixModels_0.4-1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 219003 bytes (213 KB)
==================================================
downloaded 213 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/sandwich_2.4-0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1244062 bytes (1.2 MB)
==================================================
downloaded 1.2 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/colorspace_1.3-2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 443683 bytes (433 KB)
==================================================
downloaded 433 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/Hmisc_4.0-3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1772746 bytes (1.7 MB)
==================================================
downloaded 1.7 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/e1071_1.6-8.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 763504 bytes (745 KB)
==================================================
downloaded 745 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/readxl_1.0.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1405217 bytes (1.3 MB)
==================================================
downloaded 1.3 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/pbkrtest_0.4-7.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 193805 bytes (189 KB)
==================================================
downloaded 189 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/quantreg_5.33.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1845902 bytes (1.8 MB)
==================================================
downloaded 1.8 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/RcmdrMisc_1.0-5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 130346 bytes (127 KB)
==================================================
downloaded 127 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/car_2.1-5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1597895 bytes (1.5 MB)
==================================================
downloaded 1.5 MB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/tcltk2_1.2-11.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 875757 bytes (855 KB)
==================================================
downloaded 855 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/abind_1.4-5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 38440 bytes (37 KB)
==================================================
downloaded 37 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/relimp_1.0-5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 41806 bytes (40 KB)
==================================================
downloaded 40 KB

URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/Rcmdr_2.3-2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 5842138 bytes (5.6 MB)
==================================================
downloaded 5.6 MB

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/p7/8mjn_qxd0m181_4p375kgwcc0000gn/T//RtmpiYYpqs/downloaded_packages
>

　　　　R commander，つまり，　Rcmdrをロードすることで表示されるはずであるが，GUI上でクリックしようとすると，無いパッケージ，のインストールの是非の問い合わせがあるが，Rがフリーズしてしまう。
　　　現在のRcmdr (R commander) のヴァージョンは2.3-2。
　　　ツール/パッケージのロード，を選んで，Rパッケージマネージャーで表示されているものについては，パッケージの実行が可能である。

　　　　前述のように，　> install.packages("Rcmdr")　，で実行して依存パッケージが同時にインストールされても， Rcmdrを実行する際に，さらに，パッケージが必要となる。この時にインストールしたものは，　Rパッケージマネージャーで，一覧の更新，を実行しても反映されない。つまり，システムにインストールされていない。システムにインストールするには，> install.packages("Rcmdr")　，のように個々にシステムにインストールする必要がある。システムに個々にインストールしない場合，次のようなプロセスが必要となる。
1. > library("Rcmdr")　リターン，すると，要求されたパッケージsplineをロード中です，などと列挙される。そのあとで，
2. さらに必要なパッケージが要求される。sem, rmarkdown, rgl, nortest, multcomp, lmtest, leaps, effects, aplpack　である。
3. 無いパッケージをインストールする。パッケージのインストールするディレクトリーの指定をブラウザーで実行する必要がある。 /var/folders/p7/8mjn_qxd0m181_4p375kgwcc0000gn/T//RtmpiYYpqs/downloaded_packages 　なのだが，コピペができないから。
4. その後に，Rコマンダーが立ち上がる。最下段にはメッセージが表示される。
[1]　　メモ：　　Rコマンダーのバージョン　2.3-2, Sat Jul 29 14:38:36 2017
[2]　　警告:　　The Mac OSX ... best under R.app with app nap turn off. See ?commander under the Tools menu.

　　　　そこで，Rコマンダーのメーンメニューの，ツール/R.appのためのMac OSXのApp napの管理/，　を選んで，　デフォルトでオンとされていたものを，　オフ - OK。この設定は，Rコマンダーを次に立ち上げる時にも有効となっている。前述のように，　sem, rmarkdown, rgl, nortest, multcomp, lmtest, leaps, effects, aplpack　のインストールが要求される。嗚呼。
　　　　下記の記述が参考になる。
R Commander Installation Notes The Rcmdr package is a standard R package, and it installs and is loaded in the normal manner. There are, however, a few installation issues, particularly on Macintosh systems, and these are described in this document.
https://socserv.mcmaster.ca/jfox/Misc/Rcmdr/installation-notes.html

やっぱり，　　In the first instance, you can install (each) missing package directly via the command install.packages("package-name"), or, for more than one missing package, install.packages(c("package-1-name", "package-2-name", etc)) , selecting a different CRAN mirror from the one you used initially. In the second instance, you can install the current version of R (always a good idea), and start again.

If you wish to start the R Commander automatically when R starts up, you can add a plain-text ("ascii") file named .Rprofile to your home directory, with the following contents:

local({old <- getOption("defaultPackages")options(defaultPackages = c(old, "Rcmdr"))})

To determine your home directory, type the command getwd() ("get working directory") at the > command prompt in a fresh R session（当方のは，/Users/moto）. Be sure to use a plain-text editor to create this file, not a word processor like Word, or, if using a word processor, to save the file as a plain-text file.

で，実行。
　　　　ドットで始まるファイルはシステム用で，ファインダーで表示されないとのこと。/Users/moto　に　.Rprofile　をドラッグアンドドロップして，macをリスタートして，Rを立ち上げたが，Rcmdrは同時に立ち上がらなかった。

　　　　> install.packages(c("sem", "rmarkdown", "rgl", "nortest", "multcomp", "lmtest", "leaps", "effects", "aplpack"))
依存対象 (dependency) ‘coda’, ‘arm’, ‘bitops’, ‘httpuv’, ‘xtable’, ‘R6’, ‘sourcetools’, ‘matrixcalc’, ‘mi’, ‘caTools’, ‘rprojroot’, ‘shiny’, ‘mvtnorm’, ‘TH.data’ もインストールします
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/coda_0.19-1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 203958 bytes (199 KB)
==================================================
downloaded 199 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/arm_1.9-3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 231216 bytes (225 KB)
==================================================
downloaded 225 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/bitops_1.0-6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 24050 bytes (23 KB)
==================================================
downloaded 23 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/httpuv_1.3.5.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 924334 bytes (902 KB)
==================================================
downloaded 902 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/xtable_1.8-2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 706898 bytes (690 KB)
==================================================
downloaded 690 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/R6_2.2.2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 302482 bytes (295 KB)
==================================================
downloaded 295 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/sourcetools_0.1.6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 129232 bytes (126 KB)
==================================================
downloaded 126 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/matrixcalc_1.0-3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 164808 bytes (160 KB)
==================================================
downloaded 160 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/mi_1.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 1603437 bytes (1.5 MB)
==================================================
downloaded 1.5 MB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/caTools_1.17.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 199003 bytes (194 KB)
==================================================
downloaded 194 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rprojroot_1.2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 55813 bytes (54 KB)
==================================================
downloaded 54 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/shiny_1.0.3.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 2709445 bytes (2.6 MB)
==================================================
downloaded 2.6 MB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/mvtnorm_1.0-6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 223246 bytes (218 KB)
==================================================
downloaded 218 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/TH.data_1.0-8.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 5201516 bytes (5.0 MB)
==================================================
downloaded 5.0 MB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/sem_3.1-9.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 731830 bytes (714 KB)
==================================================
downloaded 714 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rmarkdown_1.6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 2213665 bytes (2.1 MB)
==================================================
downloaded 2.1 MB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/rgl_0.98.1.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 3824706 bytes (3.6 MB)
==================================================
downloaded 3.6 MB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/nortest_1.0-4.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 28699 bytes (28 KB)
==================================================
downloaded 28 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/multcomp_1.4-6.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 625723 bytes (611 KB)
==================================================
downloaded 611 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/lmtest_0.9-35.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 277642 bytes (271 KB)
==================================================
downloaded 271 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/leaps_3.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 69196 bytes (67 KB)
==================================================
downloaded 67 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/effects_3.1-2.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 237972 bytes (232 KB)
==================================================
downloaded 232 KB
URL 'https://cran.uni-muenster.de/bin/macosx/el-capitan/contrib/3.4/aplpack_1.3.0.tgz' を試しています
Content type 'application/x-gzip' length 3159120 bytes (3.0 MB)
==================================================
downloaded 3.0 MB

ダウンロードされたパッケージは、以下にあります
/var/folders/p7/8mjn_qxd0m181_4p375kgwcc0000gn/T//Rtmpijx1CL/downloaded_packages
>

　　　　で，Rパッケージマネージャで，一覧の更新，を実行。確かにインストールされた。
Rを閉じて，改めて立ち上げて，
> library(Rcmdr)
要求されたパッケージ splines をロード中です
要求されたパッケージ RcmdrMisc をロード中です
要求されたパッケージ car をロード中です
要求されたパッケージ sandwich をロード中です
Rcmdrのバージョン 2.3-2
>
　　　　と，　新たなパッケージのインストールの指示はなくなった。とはいえ，分布を除いて，サブメニューは灰色のまま。使用時に新たなパッケージを，
ツール/パッケージのロード，をする必要があるのであろう。

4. 参考：コマンドモード

　参考に，コマンドモードで実施すると，search()，よって，現状のロード済パッケージが表示される。library(新たなパッケージ)，で，ロード済パッケージが追加される。

いつでも立ち上げの際には，デフォルトのパッケージしかロード済みにならない。
https://www.tutorialspoint.com/r/r_packages.htm
の，R-Packagesに書いてある。 By default, R installs a set of packages during installation. More packages are added later, when they are needed for some specific purpose. When we start the R console, only the default packages are available by default. Other packages which are already installed have to be loaded explicitly to be used by the R program that is going to use them. なのだ。で，どこにRパッケージがlibrary locationsにあるかは，次のコマンドで知ることができる。 Check Available R Packages Get library locations containing R packages .libPaths() When we execute the above code, it produces the following result. It may vary depending on the local settings of your pc. [2] "C:/Program Files/R/R-3.2.2/library" ぼくの環境では， > .libPaths() [1] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library" > Macintosh HDのルート以下にあり。 rGrass7がロードされていなくても，Grass7のX-windowsから，> rで，rを立ち上げることができるのだ。

3. Rの使用法

3.1　Rの使用法の基礎
　Rデフォルトで処理可能なコマンドの説明などのサイト　

Rでウェブ解析：パッケージのインストールで困った！　　解決方法例の紹介	https://www.karada-good.net/analyticsr/r-131
R で統計解析入門	http://nfunao.web.fc2.com/files/R-intro/
R on Windows　 Rコマンダーの利用など	http://plaza.umin.ac.jp/~takeshou/R/index.html
臨床医のためのRコマンダーによる　　医学統計解析マニュアル	http://plaza.umin.ac.jp/~takeshou/R/index.html
R Commander を用いたデータ解析長島健悟	http://www.josai.ac.jp/~nagasima/contents/doc/rcmdr/100105presen.pdf
R による統計処理	http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/
統計解析フリーソフト R の備忘録頁 ver.3	http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r.html
統計解析フリーソフト R の備忘録PDF	http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips.pdf
統計処理ソフトウェアRについてのTips	http://minato.sip21c.org/swtips/R.html

3.2　演習問題

　以下の問題を実行するために，自らのPCにRをインストールして，与えられた課題を実行し，次の授業までに，私のメールアドレスに送りなさい。この実行にはフリーのOpen OfficeまたはMicrosoft Excelも必要になります。
　別途よく使うのが，エディターで，ウィンドウズの場合，VxEditor　http://dr-x.jimdo.com/　がいいのではと思う。マックなら，mi　http://www.mimikaki.net/　か。　

演習ー散布図1　start

　 -----------Rで散布図を作成する-----------

1. 実際に自らのデータを使ってRで分析する場合，R上でデータの入力は面倒なので，表作成ソフト（eg. Excel）で入力して，それをcsv（コンマで区切られたテキスト）ファイルで出力して，Rのデータとする。
　ここでは　http://mjin.doshisha.ac.jp/R/14.pdf　で掲載されている表1のデータを使います。これを見て，ぼくはエクセルで入力しcsv出力した。君たちも同様のことをしてください。

2. 上記で出力したcsvファイルを，自ら作ったR_dataというフォルダーに入れます。このファイルへのpathを確認する必要があります。君たちは自分のusbにデータを入れて使うでしょうから，例えば，D:/R_data/Rscattered1.csv（USBメモリのソケットのドライブ名なのでF:などの場合もあるでしょう，Cドライブを開いてデータを入れているUSBのリムーバブルドライブ名を確認してください）となるでしょう。
　参考：　ぼくの場合は，マック上のフォルダをウィンドウとの共用フォルダにしていますので，複雑です。Mac上のParallels Desktop内のWindows XPにインストールしているRを使う場合は，Windowsからマックに入る必要がありますので，\\.psf\.mac\Users\moto\Desktop\Mac_Win_Shared\Rscattered\Rscattered1.csvとなります。

3. Rを起動します。そしてファイルがあるpath（Rの場合，作業ディレクトリworking directoryという）を指定します。
一応，現在地を確認します。
>getwd()

　参考：　ぼくの場合だと，
Parallels DesktopのWindowsのRから実行する場合，
> setwd("\\.psf\.mac\Users\moto\Desktop\Mac_Win_Shared\Rscattered")

MacのRから実行する場合，
> setwd("Desktop/Mac_Win_Shared/Rscattered")

　なお，GrassやRからのマックへのパス指定で使われるのはバックスラッシュ(\または¥)，Windowsではスラッシュ(/)です。

君たちの場合（USBがDドライブの場合）だと，
> setwd("D:/R_data")

そして，このディレクトリでのファイルをRが使えるデータフレームとして読み込みます。
> x <- read.csv("Rscattered1.csv")

ここでxはオブジェクトといいます。
「不正なマルチバイト文字があります」というエラーメッセージが出ませんでしたか。日本語（２バイト文字）は問題が発生する場合が多い（特にパッケージを作るときは日本語は使えないなどの現象が起きる）。そこで，Rscattered1.csvの日本語を全部1byte文字に変更したRscattered2.csvを作成した。でも改善されなかった。
　Rscattered1.csvをエディタ（上記のように，ウィンドウズならVxEditor，マックならmiか）で開いてコードを見ると，Shift-Jisになっていたので，utf-8（国際的なスタンダードになっている）に変換した。リターンはmacのままに放置して，Rscattered3.csvを作成し，読み込んで解決した。文字のコーディングの問題だったのである。
参考：　http://d.hatena.ne.jp/kingqwert/20120618/p1
　なお，データフレームを理解するには次のサイトがいいでしょう。
http://133.100.216.71/R_analysis/basic_data_frame00.html

> x
として，データが読み込まれているか確認しよう。さて，

> x <- read.csv("Rscattered3.csv")
> x
なまえ体重身長ウェイスト
1 たろう 50 165 65
2 はなこ 60 170 68
3 こなこ 65 172 70
4 じろう 65 175 65
5 こんこん 70 170 80
6 さきこ 75 172 85
7 きりん 80 183 78
8 だんごろう 85 187 79
9 ちゅん 90 180 95
10 かんかん 95 185 97

4. 散布図を作成する。横軸に体重（2列目），縦軸に身長（3列目）を入れてみよう。
> plot(x[[2]],x[[3]])

　表示された散布図を，私にメールしてください。

演習ー散布図1　end

3.3　Rパッケージの使用法　
　具体的な方法については，別ページに掲載する予定である。ただ，使用法などの詳細は次の様に知ることができる。
　Rパッケージマネージャを開いて，知りたいパッケージの行を選ぶと，

gstat
・Spatial analysis in R　Frede Aakmann Tøgersen　Danmarks JordbrugsForskning　FredeA.Togersen@agrsci.dk
R course November 2, 2006 ppt　　spatial-slides.pdf
http://genetics.agrsci.dk/statistics/courses/Rcourse-DJF2006/day3/spatial-slides.pdf
・The meuse data set: a tutorial for the gstat R package
Edzer J. Pebesma September 15, 2006　manual
http://gbi.agrsci.dk/statistics/courses/Rcourse-DJF2006/day3/gstat.pdf
・Spatial analysis with the R Project for Statistical Computing D G Rossiter University of Twente Faculty of Geo-information Science & Earth Observation (ITC) Enschede (NL) August 10, 2010
http://www.itc.nl/~rossiter/teach/R/RSpatialIntro_ov.pdf
・Introduction to the R Project for Statistical Computing D G Rossiter University of Twente Faculty of Geo-information Science & Earth Observation (ITC) Enschede (NL) August 10, 2010
http://www.itc.nl/~rossiter/teach/R/RIntro_ov.pdf

spatstat
・Analysing spatial point patterns in R　Adrian Baddeley　CSIRO and University of Western Australia　Adrian.Baddeley@csiro.au　 adrian@maths.uwa.edu.au Workshop Notes Version 4.1 December 2010 Copyright ©CSIRO 2010
http://www.csiro.au/files/files/piph.pdf　Good

geomap
・Spatial Graphics Using The R Package geoMap　Draft Only　Glenn De'ath Australian Institute of Marine Science Townsville Queensland 4810 Australia July 28, 2010
http://e-atlas.org.au/sites/default/files/article/r-tools-generating-maps-and-spatial-modelling-193/atlas-mapmaker.pdf

Raster
・Introduction to the 'raster' package (version 2.0-08) Robert J. Hijmans June 28, 2012
http://cran.r-project.org/web/packages/raster/vignettes/Raster.pdf
・Package ‘raster’June 28, 2012
http://cran.r-project.org/web/packages/raster/raster.pdf

Spatial
・Package ‘spatial’June 27, 2012
http://cran.r-project.org/web/packages/spatial/spatial.pdf
・

4. Grassとの連携

　spgrass6をRパッケージマネージャーで，ロード済にすると，下記のように認識される。詳細な使用法はページを改めて実施する。なお，いまや古くなったが，次のサイトはGrassとRを使う上で最も参考になるページ　http://grass.osgeo.org/statsgrass/grass_geostats.html
　http://grass.fbk.eu/statsgrass/grass_geostats.html
である。
　Short Introduction to Geostatistical and Spatial Data Analysis with GRASS and R statistical data language
by Markus Neteler　ITC-irst/MPA, Trento, Italy
© 2000-2007 Markus Neteler
Last update: $Date: 2007-02-09 10:42:53 +0100 (Fri, 09 Feb 2007) $
　地理学・地域環境学研究法（2012秋学期）では主にこの内容に基づいて実習を行い，大阪府の限られた地域のデータを使って各自に演習を請う。

要求されたパッケージ sp をロード中です
要求されたパッケージ XML をロード中です
GRASS GIS interface loaded with GRASS version: (GRASS not running)
httpdヘルプサーバーを起動... 完了
>
　そして，Rのコンソールで次を実行
> execGRASS
を実行すると，

> execGRASS function (cmd, flags = NULL, ..., parameters = NULL, intern = FALSE, ignore.stderr = NULL, Sys_ignore.stdout = FALSE, Sys_wait = TRUE, Sys_input = NULL, Sys_show.output.on.console = TRUE, Sys_minimized = FALSE, Sys_invisible = TRUE, echoCmd = NULL) { if (is.null(ignore.stderr)) ignore.stderr <- get("ignore.stderr", envir = .GRASS_CACHE) stopifnot(is.logical(ignore.stderr)) syscmd <- doGRASS(cmd, flags = flags, ..., parameters = parameters, echoCmd = echoCmd) if (get("SYS", envir = .GRASS_CACHE) == "unix") { res <- system(syscmd, intern = intern, ignore.stderr = ignore.stderr, ignore.stdout = Sys_ignore.stdout, wait = Sys_wait, input = Sys_input) } else { res <- system(syscmd, intern = intern, ignore.stderr = ignore.stderr, ignore.stdout = Sys_ignore.stdout, wait = Sys_wait, input = Sys_input, show.output.on.console = Sys_show.output.on.console, minimized = Sys_minimized, invisible = Sys_invisible) } if (intern) return(res) invisible(res) } <environ

などと表示されるからGrassと連携しているのがわかる。

補：ファイアウォールやプロキシサーバーの使用環境では

　私の自宅では問題ないが，大学内でのRからのCRAN接続は難しいかもしれない。
　MacOS Xの場合，Rの起動直後にコンソールで，
　> Sys.putenv("http_proxy"="http://proxyhost:3128")
　ただし，プロキシサーバーのホスト名がproxyhostで，ポート番号が3128の場合。

　Windowsの場合，スタートメニューからRを起動している場合は，Rを起動するためのショートカットR 2.15.1のプロパティを開き，リンク先の...Rgui.exeの末尾に--internet2を追記して，"...Rgui.exe" --internet2とすればよい。
　この補足部分の記述は，岡田昌史編 The R Book. データ解析環境 Rの活用事例集. 九天社. 2004, p. 50，から引用した。

以　上。